1957年，年仅30岁的亨廷顿出版了第一部学术著作《士兵与国家》。《士兵与国家》一书的灵感来自于当时美国社会发生的一件大事：1951年杜鲁门总统因为麦克阿瑟将军不服从指挥而解除了他的职务，亨廷顿敏锐地感觉到这件事实际上提出了一个大问题：在一个信奉自由主义的民主社会里，国家究竟应该与代表着保守主义的军队建立一种什么样的关系。

书一出版就遭到各界猛烈攻击，有评论家认为这部著作令人联想起墨索里尼“信仰、服从、战斗!”的法西斯口号，二战的记忆在那时还很清晰。这本书在学术界引起的非议在一定程度上也导致了亨廷顿于1958年没能与哈佛大学签订续聘书，他只好转投哥伦比亚大学，和他一起出走到纽约的还有他的好友布热津斯基。但4年后，哈佛大学才意识到亨廷顿与布热津斯基都是政治学界的明日之星，邀请两人重回哈佛。最后布热津斯基扎根哥伦比亚大学，而亨廷顿则返回哈佛。从某种程度上说，争议、愤怒甚至蔑视，这些代表了亨廷顿思想理论的宿命：甫一问世便饱受争议，随着时间的推移，它们才会被广泛但又勉强地接受。